Esta vez, luego de un viaje por el mundo de la magia en el volumen anterior, volvemos a Ciudad Academia, al mundo de la ciencia, a la ciudad que nunca aburre, a la ciudad llena de Espers. Comencemos.
El Tree Diagram ha sido destruido. Destruido por los eventos sucedidos en el volumen 1 del Index y que ahora formalmente enseña sus consecuencias.
El Tree Diagram ha sido destruido misteriosamente. Nadie sabe eso. Solo unos pocos están enterados del suceso, lo cual ha desencadenado una cacería de buitres por los restos de aquella poderosa supercomputadora, prácticamente cercana a Dios.
Por su parte, Kuroko, como miembro de jugdement, acaba involucrada y entereda de ciertas verdades sobre la Ciudad Academia y principalmente sobre Mikoto, quien solo es capaz de interpretar aquello como los fantasmas del pasado volviendo hacia ella... hacia las sisters.